Plateforme GEMME Géo-microbiologie expérimentale

La plateforme de géo-microbiologie expérimentale (GEMME) permet l’étude interdisciplinaire des relations entre minéral et vivant à travers des approches expérimentales combinant outils de la Biologie, de la Physique et des Sciences de la Terre. Les services proposés vont d’un simple accès aux instruments à la collaboration scientifique (établissement et mise en œuvre de protocoles, mise en forme des résultats et contribution à la rédaction de publications). La plateforme fait partie de l’OSU Ecce Terra et du réseau national REGEF_BGE.

Equipements et spécificités de la plateforme 

Les projets pouvant être menés concernent, par exemple, (1) les microorganismes et des mécanismes biologiques impliqués dans divers processus géochimiques (biominéralisations, réactions redox, etc.), (2) la synthèse de biomatériaux (3) la toxicité de polluants inorganiques et la bioremédiation (4) le devenir des molécules du vivant au cours de la fossilisation (5) la caractérisation de protéines solubles ou membranaires impliquées dans diverses pathologies. La plateforme regroupe les appareils nécessaires à la culture des microorganismes aérobies et anaérobies (préparation de milieux, cultures stériles, stockage ect), leur manipulation et leur observation, e. Une souchothèque d’une cinquantaine de micro-organismes est également mise à disposition. Enfin, le personnel de GEMME propose des instruments et une expertise en biologie moléculaire ou de biochimie pour la caractérisation de biomolécules.

Descriptif : liste des équipements

• Préparation de milieux : Systèmes de production Eau ultrapure (18mΩ), autoclaves (capacité jusqu’à 30 litres), autoclave gros volumes, laveur de laboratoire
• Cultures des microorganismes : incubateurs, agitateurs thermostatés, bioreacteur de 2l, rampe anaérobie
• Stockages : chambre froide, congélateurs -20°C et -80°C
• Préparation d’échantillons : hottes à flux laminaire, centrifugeuses, ultramicrotome et contournement de point critique
• Imagerie : microscope optique à épifluorescence
• Analyses Biomolécules : spectrophotomètre (Nanodrop), fluorimètre (Qubit), appareil PCR (Applied Biosystems, Veritii), luminomêtre (Glomax), appareils d’électrophorèse pour acides nucléiques et protéines (Biorad), système de chromatographie FPLC (GE Healthcare), Diffusion dynamique de la lumière (DLS Dynapro)

Projets de recherche

• ERC Calcyan 2013-2018, PI : K.Benzerara
• ANR SRB 2014-2019, PI : J.Miot
• ANR Phostore 2020- , PI : E.Duprat
• ANR Harley 2020- , PI : K.Benzerara
• Parternaire, ANR Microbialite 2018- PI : P. Lopez-Garcia ( ESE, Paris Sud)
• INSU-TELLUS-INTERRVIE ; Séquestration du phosphore : identification des micro-organismes accumulateurs de P dans la colonne d'eau du lac Pavin
• INSU-EC2CO-MICROBIEN ; Contribution des bactéries magnétotactiques au cycle du phosphore et influence des paramètres environnementaux
• ATM MNHN: « Biominéralisation de CaCO3 intracellulaire chez Microcystis, cyanobactérie formant des proliférations (BIOCHEMIST)» avec Cécile Bernard, MCAM, MNHN. 

Contacts

• Fériel Skouri-Panet : feriel.skouri-panet(at)sorbonne-universite.fr - Tél. : 01 44 27 50 81
• Cynthia Travert : cynthia.travert(at)sorbonne-universite.fr - Tél.: 0144275081