Anton - Une bulle spéculative ? - Marc Baaden

Marc Baaden - IBPC (UPMC)

Lundi 3 novembre 2014 à 10 h 30

IMPMC, Université P. et M. Curie, 4, Place Jussieu, 75005 Paris

Salle de conférence, 4e étage, Tour 22-23, Salle 1

Résumé

Pendant longtemps, les algorithmes de dynamique moléculaire étaient limités à des durées de simulation qui ne dépassaient pas la microseconde, surtout à cause de la puissance de calcul nécessaire. Cette frontière a été franchie dans le cas de petites protéines, d'une soixantaine d'acides aminés, avec une prédiction de la structure native de très grande qualité, obtenue après une trajectoire de la dizaine de millisecondes [1]. L'auteur de cette performance est un ancien responsable d'un fonds d'investissement, David E Shaw, qui a fait fortune grâce au trading haute fréquence. Une fois quelques milliards de dollars mis de côté, il a fait une OPA sur un sujet scientifique (le repliement des protéines), en fondant sa société privée de recherche, David E Shaw Research, basée à Times Square. Il a mis au point à la fois des algorithmes performants réunis dans le logiciel Desmond, et une machine dédiée, Anton.

Je tenterai de raconter cette histoire et ses étapes depuis la création de la société, et ce qu'elle ouvre comme perspectives en particulier en terme de réponse numérique au problème du repliement des protéines et à la caractérisation de leur fonction. Anton est le dernier prodige d’une époque où la dynamique moléculaire, saluée par le Prix Nobel 2013, est devenue un outil de routine dans le monde de la biologie.

[1] K. Lindorff-Larsen, S. Piana, R. O. Dror, D. E. Shaw, "How Fast-Folding Proteins Fold," Science, vol. 334, 2011, pp. 517–520.