Calculation of thermodynamic and dynamical properties of complex biological systems - François Sicard - 19 décembre 2014
François Sicard, Laboratoire de physique théorique (LPT)
Vendredi 19 décembre 2014 à 14 h
IMPMC, Université P. et M. Curie, 4, Place Jussieu, 75005 Paris
Salle de conférence, 4e étage, Tour 22-23, Salle 1
Abstract
Since the late 1980s the idea has emerged that a global overview of the (free) energy surface of complex biological systems is of paramount importance for a quantitative understanding of the relationships between structure, dynamics, stability, and their functional behavior. However, most phenomena of interest take place on time scales that are orders of magnitude larger than the accessible time that can be currently simulated with classical all-atom molecular dynamics. This issue can be addressed by reducing the dimension of the conformational space explored by the system or by accelerating the exploration of the conformational space in simulations. I will discuss the mesoscopic to all-atom simulations coupled to “biased” dynamics (Metadynamics), that we use to tackle different biological mechanisms, such as DNA and protein conformational changes.
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