Reconstructing the 3D structure of chromosomes - Julien Mozziconacci
Julien Mozziconacci, LPTMC, UPMC
Lundi 4 juillet 2016 à 10 h 30
IMPMC - Université P. et M. Curie - 4, Place Jussieu - 75005 Paris
Salle de conférence - Barre 22-23 - 4e étage - Salle 401
Abstract
The long DNA molecule is folded in the cell nucleus in an orderly and retrievable way. In order to understand this folding, molecular biologists recently developed a protocol that reveals the physical contacts between all the different regions of the genome. This information, if properly analyzed should in principle reveal the in vivo 3-dimensional (3D) structure of chromosomes. . However, going from a set of pair-wise contacts to a 3D structure is far from trivial. A branch of mathematics, known as distance geometry, is dedicated to this problem and we recently devised an algorithm that uses these theorems in order to reconstruct the 3D structures of genomes from the sole knowledge of the contacts [1]. This algorithm is very fast and can be implemented for proteins or RNA as well.
1) 3D genome reconstruction from chromosomal contacts.
Lesne A, Riposo J, Roger P, Cournac A, Mozziconacci J.
NATURE METHODS 2014 Sep 21. doi: 10.1038/nmeth.3104.
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