Soutenance de thèse de Maud Jusot

Maud Jusot, doctorante dans l'équipe BIBIP, soutient sa thèse le mercredi 3 octobre 2018 à 14 h.

IMPMC - Sorbonne Université - 4 place Jussieu, 75005 Paris, tour 23, 4e étage, couloir 22-23, salle 401

Description de l'espace conformationnel de peptides cycliques de la famille RGD par une approche inspirée de la robotique et par des simulations de dynamique moléculaire

Résumé

Les petits peptides cycliques représentent une classe émergente et prometteuse de molécules thérapeutiques. Cependant, le manque de connaissance de leur espace conformationnel rend difficile leur conception et la prédiction de leur structure. Afin de pouvoir améliorer les connaissances sur ces molécules aux propriétés uniques, nous avons voulu développer une approche alternative à celles existantes permettant la caractérisation la plus précise possible de leur espace  conformationnel. Pour cela, nous   avons  développé  une méthode EGSCyP, s'appuyant sur une représentation multi-­niveaux du  peptide : une représentation mécanique et  l'utilisation  d'algorithme issus du domaine de la robotique permettant une   approche globale puis une amélioration de la précision en modèle tout atome. EGSCyP a été développé pour gérer les  résidus modifiés tels que les résidus  de  forme D et N-­méthylés. Cette méthode a été comparée à des simulations de dynamique moléculaire par échange de répliques et des données expérimentales pour la valider. Elle a été appliquée à un ensemble de pentapeptides cycliques RGD dérivés de la Cilengitide, un anticancéreux. Notre approche a montré de bonnes performances notamment en ce qui concerne la complétude de l'espace conformationnel de ces peptides et a permis d'évaluer l'impact des modifications chimiques telles  que les résidus en forme D ou N-­méthylés  sur   ce   paysage  conformationnel.  

Mots clés :  peptides cycliques, robotique, dynamique moléculaire, RGD, Cilengitide.    

Jury

Chantal Prévost, CR (LBT - IBPC) - Rapporteur       
Pierre Tufféry, DR (MTI, Université Paris 7) - Rapporteur       
Alessandra Carbone,  Professeure (LCQB, Sorbonne Université) - Examinatrice    
Claire Minoletti-Hochepied, IR (Sanofi-aventis) - Examinatrice
Jacques Chomilier, DR (IMPMC, Sorbonne Université) - Directeur de thèse
Juan Cortés, DR (LAAS-CNRS, Toulouse) - Co-directeur de thèse
Dirk Stratmann, MC (IMPMC, Sorbonne Université) - Co-encadrant