Zoom Science - Un logiciel libre dédié au classement des modèles protéiques - Septembre 2018

La modélisation moléculaire permet d’accéder à la structure 3D des protéines, porteuse de leurs fonctions biologiques, de manière beaucoup moins coûteuse que les méthodes expérimentales, telles que la cristallographie aux rayons X, la RMN ou la cryo-microscopie électronique. La qualité des structures ainsi prédites nécessite toutefois d’être évaluée, et de nombreuses méthodes informatiques ont été développées à cet effet. Cependant, aucune ne prend en compte l’environnement cellulaire dans lequel les protéines sont fonctionnelles, alors même que les propriétés physico-chimiques de celui-ci influencent grandement la conformation des protéines. Ainsi, ces méthodes génériques échouent à distinguer entre les prédictions structurales correctes et incorrectes, car elles ignorent les spécificités des différents types de protéines. Des chercheurs de l’équipe Bioinformatique et Biophysique de l’IMPMC, associés à un chercheur de l’université de Copenhague, ont développé un programme d’évaluation de la qualité des modèles qui est adaptable à tous types de structures protéiques.

Légende image : Evaluation de la qualité des prédictions de structures protéiques selon un critère énergétique

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Référence

"MyPMFs: a simple tool for creating statistical potentials to assess protein structural models"
Guillaume Postic, Thomas Hamelryck, Jacques Chomilier, Dirk Stratmann
Biochimie, 151, 37-41 (2018)
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0300908418301445?via%3Dihub

Contacts
Guillaume Postic (guillaume.postic @ sorbonne-universite.fr)
Dirk Stratmann (dirk.stratmann @ sorbonne-universite.fr)